一般，在二氧化碳培養(yǎng)箱內(nèi)細(xì)胞沒有污染的情況下平均1-3個(gè)月徹底消毒一次。最常用的3種消毒滅菌的方式是：液體消毒劑、紫外和干熱。 

1、液體消毒劑：選擇對(duì)二氧化碳培養(yǎng)箱無(wú)腐蝕性的液體消毒劑，并且液體消毒劑的消毒效果好壞和很多因素有關(guān)。比如：場(chǎng)所的溫度、接觸時(shí)間、pH、穿透能力、有機(jī)物的反應(yīng)。這些因素中的一些很小的變化可能會(huì)造成去污劑的效力上大的不同。因此甚至在很有利的情況下，當(dāng)最終要求必須無(wú)菌時(shí)，液體去污劑也不是完全可信賴的去污方法。 

2、 紫外消毒：一般先用蒸餾水清洗干凈后，再用培養(yǎng)箱自帶的紫外燈照射一天。當(dāng)紫外燈在有遮光罩的情況下照射時(shí)，紫外線照射到腔體的次數(shù)很少。 

3、 干熱滅菌：當(dāng)CO2培養(yǎng)箱用于污染危險(xiǎn)區(qū)域時(shí)，干熱滅菌可作為清潔室內(nèi)的附加手段。干熱滅菌采用6面直接加熱，加熱溫度高達(dá)125°C。這使得腔體能夠破壞細(xì)菌。高溫（125°C）在培養(yǎng)箱中保持2小時(shí)以上。經(jīng)過(guò)8小時(shí)的滅菌程序（包括2-3小時(shí)的預(yù)熱時(shí)間，具體情況取決于溫度），滅菌室內(nèi)的溫度降低并恢復(fù)到37°C或上一個(gè)程序設(shè)定的溫度。除了以上幾種方法外，還可以采用聯(lián)合殺菌的方法，幾種消毒滅菌的方法同時(shí)使用來(lái)達(dá)到徹底清潔的效果。